Otra opción es hacerlo desde la propia consulta, si los campos son de tipo DATETIME, algo parecido a esto:
Código PHP:
$consulta_fechas = "SELECT FH1, FH2, (UNIX_TIMESTAMP(FH2)-UNIX_TIMESTAMP(FH1)) AS segundos FROM horario WHERE id_fecha = 1 ";
Dentro del while solo tienes que poner $segundos = $consultSet['segundos']; (o la variable que quieras) y tendrás la diferencia en segundos. A Raíz de ahí sacas las horas dividiendo o usando alguna función de PHP (creo que el mktime puede hacerlo a raíz de un valor con solo segundos, pero no soy muy bueno con eso).