Si tu sitio tiene tráfico y tienes problemas de rendimiento, te recomiendo abandonar el código espagueti
http://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3digo_spaghetti
Te recomiendo buscar información sobre estos temas:
- Programación orientada a objetos en php
- Refactorización
- Patrón de diseño MVC
- Y algún framework que te facilite las tareas (zend, cake, code igniter, etc)
Saludos.