guardar varios numeros a la vez en mysql

[eits]

verifica que tengas valor antes de intentar el insert

Código PHP:

foreach($_POST['ref'] as $valor){
if(!empty($valor)){
mysql_query("INSERT INTO referencias (referencia, campo2, campo3) VALUES ('".$valor."','otro valor', 'otro valor')");
}else{
//aqui tu codigó si esta vacia la variable, aunque esta parte no es necesaria.
}
}