Cita:
Iniciado por maycolalvarez 
la url amigable lo que hace es reescribir una ur que coincida con un patrón, por lo tanto para él es válido ambas porque tienes otra regla que le indica que si el archivo existe lo deje pasar, y tiene que ser porque de otro modo tendrías que eliminarla y hacer una regla para los assets de la web, como en CodeIgniter:
Código Apache:
Ver originalRewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|img|js|css|jquery\.mobile|robots\.txt|assets|files|reports)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
Muchas gracias a los dos :D me he quedado un poco mas tranquilo, aunque no entiendo muy bien este codigo..¿funcionaria algo asi?
Código PHP:
RewriteRule ([^/.]+).php$ $1 [L]
Es decir, todo lo que traiga .php lo que hago es reescribirlo sin PHP