No es complicado, ya que al actuar como proxy, se envían determinadas cabeceras, que podés reconocer con php
   
Código PHP:
Ver original        'HTTP_VIA',
        'HTTP_X_FORWARDED_FOR',
        'HTTP_FORWARDED_FOR',
        'HTTP_X_FORWARDED',
        'HTTP_FORWARDED',
        'HTTP_CLIENT_IP',
        'HTTP_FORWARDED_FOR_IP',
        'VIA',
        'X_FORWARDED_FOR',
        'FORWARDED_FOR',
        'X_FORWARDED',
        'FORWARDED',
        'CLIENT_IP',
        'FORWARDED_FOR_IP',
        'HTTP_PROXY_CONNECTION'
    );
    foreach($proxy_headers as $x){
        if (isset($_SERVER[$x])) die("Navegando via Proxy");     }
  
Se que esto no funciona si el proxy esta seteado como anónimo, pero desconozco como se hace eso con Apache. Aún así, si fuese anónimo, creo haber visto software  ó servicios online para hacer la detección
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