sí, porque se supone que la capa (div o lo que sea) debe estar oculta para que jQuery la muestre con el efecto, pero no sabes si el mismo usa display, visibility u
opacity (filtro para IE es necesario), por ello aparece de golpe, tienes que usar la priopiedad que él usa cuando lo oculta con fadeOut, y estoy seguro de que es opacity (no lo he confirmado,
)
recuerda que para IE, el opacity se aplica con un filtro, al menos para versiones viejas