Tiempo de ejecucion excedido...

[karma274]

Ya se el el titulo parece ser facil de resolver pero creanme que no lo es...,
me esta sucediendo lo siguiente quiero actualizar el campo de una table de una base de datos desde otra base de datos... ya tengo el script que cumple con la funcion el problema viene cuando intento correr el script, pues las bases de datos que manejo son inmensamente grandes una posee como 250.000 registros y esta en aumento y la otra va en 1.200 y aumentando, entonces cuando se intenta recorrer tablas tan grandes se excede el tiempo de ejecucion pero ya probe modificando el php.ini la linea de max_execution_time y no funciono ademas lo describen como no conveniente entonces me encontre con otro agregar la funcion void set_time_limit(0) pero igual no dio resultado...

Agradeceria mucho su ayuda....