A ver...por lo que entiendo no ha perdido las imágenes originales, solo que las esta salvando de la manera errónea.
Tienes que salvar la imagen en modalidad "Bicubic Sharper (best for reduction)". Ve el siguiente tutorial (en inglés) para que veas como se hace esto y no pierdas calidad en tus imágenes al reducirlas
Resize a Photograph for the Web and Save it as a JPG