Bueno, hace poco me toco hacer un sistema de gestión de archivos. Yo te recomiendo que para que no empieces de cero busque alguno ya hecho y lo mejores. Puedes buscar por DMS para php (Document management system)
En especial te recomiendo este, aunque es bastante viejo y desactualizado (en funciones que ya estan obsoletas) es una buena solución. es cosa de tomarlo como base y ya de ahí modificarlo segun tu necesidad. Yo le cambie muchas cosas pero me fue de utilidad para no empezar desde cero.
http://philer.sourceforge.net/
Yo tendria en cuenta que debes limitar el tipo de archivo que subes (pdf, documentos de excel entre otros) Tambien que tipos de usuarios pueden acceder al aplicativo y que privilegios deben tener (si pueden editar, borrar, añadir segun su tipo de usuario)