Muchas gracias triby por tu colaboracion, como las condiciones de las consultas cambiaron pude optimizar mi codigo y ponerlo a funcionar, ademas encontre la linea que necesitaba para extender el tiempo de ejecucion cuando en php.ini no se puede, se los voy a dejar para quien lo pueda necesitar.
Linea:
Código PHP:
ini_set('max_execution_time', 300);
Solo hay que agrgarlo al inicio de tu script entre las etiquetas php por supesto....