Así está la cosa, puse una condición if dentro del bucle, diciéndole que si el valor es diferente a nulo, muestre los valores:
Código PHP:
Ver original<?php
$sql="SELECT DISTINCT Categoria FROM pedimento";
<?php if ($row['Categoria']!="") { ?>
<option value="<?php echo $row['Categoria']?>"><?php echo $row['Categoria']?>
<?php } else { ?>
<?php }; ?>
<?php }; ?>