Consulta en PHP MySQL donde haga una búsqueda dependiendo si existen ciertos valores

[eits]

no se como tienes estructuradas tus tablas ni como es que necesitas los datos sin embargo la opción que te puedo dar es que no uses el implode, lo mejor es que crees una variable que contendrá una cadena, recorrer el array asunto y mientras lo recorres verifica cuales han sido marcados y tomas su valor y le concatenas el is not null y esto lo vas concatenando a la variable que creaste el resultado lo unes con tu consulta
"SELECT * FROM pedimento Where $variableCreada"