No se que tantos datos quieras comparar en tu consulta, por eso saque un par y deje el importante, nota1, porque a vos te interesa saber si existen o no valores iguales a 0 en para ese campo en tu base de datos, por lo tanto en esta consulta selecciono todos los valores de la tabla notas para el atributo nota1 pero solo si tienen valor 0 en ese atributo.
Si hay filas que en tu tabla tienen para el atributo nota1 valor 1, 12..etc estas NO las muestra.
Código PHP:
Ver original$sql4 = mysql_query("select nota1 from notas where nota1 = 0") ;
if(mysql_num_rows($sql4) > 0) //si obtengo filas entonces hago el alerta {
echo "<script>alert('AUN NO SE HAN REGISTRADO TODAS LAS NOTAS QUE LES CORRESPONDE\nPOR FAVOR REGISTRE TODAS LAS NOTAS A SUS ESTUDIANTES PARA PODER IMPRIMIR LA BOLETA DE VERIFICACION DE REGISTRO DE NOTAS')</script>";
}
este mensaje de alerta solo se muestra si obtenes valores 0 para el atributo nota1, si no hay valores 0 entonces nunca se muestra.
Por otro lado podes hacer la consulta pero con lo opuesto.
Código PHP:
Ver original$sql5 = mysql_query("select nota1 from notas where nota1 <> 0") ; //selecciono todos los valores para el atributo nota1 donde su valor sea distinto de 0 {
//haces lo que tengas que hacer
}