Espero comprendas que esta clase de preguntas son demasiado genéricas y vagas como para que te puedan contestar apropiadamente. No nos decís cuál es el entorno en el que la instalarías, si te sirven soluciones comerciales, ni otros datos que puedan ayudarnos a recomendarte una solución en particular.
Por eso, creo que la única respuesta posible es
http://lmgtfy.com/?q=helpdesk+software+linux