La forma en que yo haría esa tarea es dividirla en dos pasos:
Primero me quedo con el texto que realmente quiero transformar, en tu caso lo que hay entre <table> y </table>
Segundo buscar los \n dentro de ese texto y transformarlo a <br />
Te pongo un par de links para que puedas hacer esto:
strrpos -> Devuelve la posición de un texto dentro de una cadena
substr -> Devuelve una parte de una cadena.
Probablemente existe una manera de hacerla con expresiones regulares, pero yo no las domino... si hay alguien que sepa que te conteste...
Si te surge alguna duda más concreta nos comentas ;)