Mirá, yo lo estoy probando en mi server y funciona correctamente´(firefox/chrome/IE).
La unica pequeña diferencia que encuentro es que en IE hasta que el usuario no le da a la opción de abrir o guardar en la descarga, la página no se refresca, incluso le agregué una sesión para generar el mensaje, te pongo los archivos en un zip para que los analices y los pruebes, recordá que el directorio dónde guardes tus csv tiene que tener permisos 0777
http://foros.emprear.com/php/perfil/perfil.zip
Saludos