emprear, permiteme usar tu código para dar otra solución
Cita: function numerar(){
var contador = 0;
var contenido = document.getElementById('textA').value;
var lineas = contenido.replace(new RegExp(/([a-z0-9]+)(\s?)/g), function(or) {contador += 1; return contador + '. ' + or});
document.getElementById('textA').value = lineas;
}
con éste nos da igual que hay líneas en blanco. la expresión hay que ajustarla a los posibles caracteres que puede contener una url