No es necesario que metas la los ficheros php en la carpeta cgi-bin, mientras tengas el servidor configurado adecuadamente para que coja los ficheros donde los tienes alojados. La carpeta cgi-bin es este caso, solo es una carpeta que crea apache por defecto por si quieres usar esa funcionalidad.
Puede que sea por un problema en el servidor, lo mejor será que consultes el log de errores de apache.
No se qué sistema operativo estas usando para el servidor, si usas linux deberias consultar el fichero de configuracion del servidor que probablemente estará en:
El fichero suele llamarse httpd.conf, y la ruta del log de errores está configurada en dicho fichero con la directiva
ErrorLog.
Abre el fichero justo despues de que te suelte el
Internal Server Error y vete a las ultimas lineas, te dirá qué es lo que está fallando. Si no sabes resolverlo postea las ultimas lineas del error log, así como la configuración de apache.
No obstante puede ser alguna tonteria de sintaxis que se te haya escapado, asi que revisa el codigo, tanto el html como el php, en cualquier caso, aparecerá en el error log
Un saludo