Proteger script que integra contraseñas

[AlvaroG]

Que esté oculto o no, creo que no hace diferencia.
Si solamente root puede leer el archivo, ningún otro usuario podrá ver tu contraseña. Si te preocupa que un intruso pueda ganar privilegios de root y verla, la realidad es que cualquier método que uses tendrá el mismo problema.

Dicho esto, yo buscaría utilizar autenticación de clave pública, correr el script con un usuario que solamente pueda ejecutar ese script, y que en la máquina destino también se esté conectando a un usuario restringido que pueda hacer lo mínimo indispensable.
Si necesitas privilegios de root para recopilar la información del respaldo, quizás puedas separar el proceso en una etapa de creación del archivo de respaldo y otra de transferencia.