Hola @Nuria bienvenida al foro,
La diferencia entre flash y jquery a mi ver, es que con jquery es mas amigable para los buscadores, mas fácil y rápido de editar (casi cualquiera puede hacerlo) y mejor compatibilidad con los dispositivos móviles.
con flash es mas complicada su edición y no cualquiera puede hacerlo, como ventaja seria que puedes agregar efectos y/o animaciones que con jquery no se pueden hacer, pero lamentablemente no es compatible con dispositivos móviles.
Particularmente a mi me gusta mucho usar este slideshow
http://jquery.malsup.com/cycle/
me parece muy fácil de implementar, personalizar y con una gran variedad de efectos.