Buenas noches,
me gustaría que me orienten un poco y me den sus opiniones personales o bien, ejemplos concretos sobre como organizar un panel de control.
Con panel de control, me refiero a un cpanel que estoy desarrollando yo mismo, para dar a mi cliente, la posibilidad de organizar sus productos y realizar alguno cambios sobre el sitio web que le desarrollé.
Por el momento tengo lo siguiente:
/root/cpanel/
img
css
js
index.php
login.php
MI duda mas concreta es por ejemplo si crear "modulos", cada uno con su carpeta y sus archivos internet. Por ejemplo:
/root/cpanel/modulos
productos
usuarios
otro_modulo
o simplemente cada modulo con un solo archivo y toda su lógica en el mismo archivo.
Sinceramente no se bien como explicar el tema, la idea es que me quede un panel de control medianamente genérico, para poder reutilizar en demás sitios webs con pocos cambios.. es por ello que quiero escuchar opiniones para ver que puede ser lo mas conveniente.
Algún ejemplo que me puedan pasar de este tipo? Ya que googleando como cpanel o panel de control, se refiere prácticamente toda la información al cpanel de los hostings! 
Gracias de antemano y disculpas la extensión del tema!
Saludos.
AGREGO: No utilizo ningún framework MVC ni nada por el estilo..