php.ini consume muchisimos recursos

[skamasle]

Lo de 1.1GB es lo más que puede usar mysql.

OK] Maximum possible memory usage: 1.1G (54% of installed RAM)

Si quieres ver que usa la RAM tendrás que usar el comando TOP y ver que pasa, tal vez sea apache + PHP.

También free -m te dará algo de info, tal vez la mayoría de RAM sea cache que hay ahí acumulado y el sistema que te manda los avisos lo toma todo como RAM usada.

Si eso pega aquí la salida de ps aux con ese también puedes ver que consume más RAM.