Hola:
Un new File en principio no crea carpetas ni ficheros, supongo que el momento de crearlas es más adelante con algún método que llames de la clase file y que no has copiado aquí.
No sé como (no lo he hecho nunca), pero para crearlas dentro del jar tendrás que usar las clases que tiene java para manipular ficheros jar y ficheros zip (
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...e-summary.html y
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...e-summary.html )
Se bueno.