Puedes hacerlo, aunque dependiendo de lo que requiera jira puede ser más o menos complejo (no los campos visibles, sino los ocultos, como la cookie de sesión o lo que sea).
Para leer el excel, usa la librería apache poi
http://poi.apache.org/
Para enviar cosas a JIRA, abre la conexión con
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...onnection.html . Con esta clase puedes llenar los parámetros de tu formulario (POST o GET) y enviarlos al servidor. Como te comento, puede haber problemas si JIRA requiere que le pases una cookie con la sesión o lleva campos hidden en el formulario con información que no seas capaz de generar correctamente.
No sé si vale porque no la he usado nunca ni sé qué capacidades tienes, pero quizás merezca la pena investigar httpunit
http://httpunit.sourceforge.net/ Es una librería pensada para hacer test automáticos de páginas web, por lo que posiblemente te facilite cosas como rellenar y enviar el formulario. Otra alternativa similar es jwebunit
http://jwebunit.sourceforge.net/ el ejemplo de la página principal parece sencillo y se ajusta a lo que quieres (salvo como he comantado, temas de cookies y demás que no sé cómo las soporta).
Se bueno.