Cita:
Iniciado por GatorV 
Eso significa que estas usando Mod_Php.
Para que tu script funcione, necesitas darle permisos al usuario bajo el que estas ejecutando Apache (generalmente es wwwuser o nobody) para que pueda ejecutar ese comando, ya que PHP esta limitado al alcance que tiene Apache.
Si fuera por CGI, puedes configurar un usuario específico para PHP.
Saludos.
Gracias GatorV, es cierto que pone tambien mod_php
Loaded Modules core mod_log_config mod_logio prefork http_core mod_so mod_alias mod_auth_basic mod_authn_file mod_authz_default mod_authz_groupfile mod_authz_host mod_authz_user mod_autoindex mod_cgi mod_deflate mod_dir mod_env mod_mime mod_mono mod_negotiation
mod_php5 mod_reqtimeout mod_setenvif mod_status
Entiendo que debo de dar permisos de superusuarios al sistema a wwuser o nobody verdad?
Cómo puedo hacerlo? añadiendo algo a php.ini?
Saludos