Cita: ¿hay algún include o algo raro para que la importe TIPO iframe o algo?
Para comenzar sabes REALENTE que es un frame/iframe en HTML? un frame/Iframe es un tag que hace una petición diferente al servidor (es como cargar la página desde una pestaña en el navegador), por lo cual el navegador o servidor no tienen que buscar las dependencias (css, js, imagenes, swf, etc), ya que las rutas son definidas desde el HTML para el archivo que se incluye, PHP no tiene funciones
MAGICAS para resolver problemas de diseño eh implementación, lo unico que te queda es editar las rutas manualmente, en todo caso, con PHP podrías generar la ruta, pero al final, tendrás que modificar las rutas originales para que PHP reemplace la ruta según el nivel del árbol que se encuentre...