Ya resolví el problema.
Por si a alguien lo necesita, tan sólo había que añadir el signo "?" en la redirección.
Código:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdominio1.midominio.com$ [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.subdominio1.midominio.com$
RewriteRule ^(.*)$ http://subdominio2.midominio.com/? [R=301,L]