Datos desde un programa a mysql con php

[pepu]

Hola.
Estoy realizando una web para un cliente con php y mysql.
En dicha web el cliente tiene un panel de administracion a traves del cual inserta el contenido que posteriormente sera visible en la web.

Por otro lado el cliente tiene un programa de gestion propio e interno en su lugar de trabajo en el que tiene todo su catalogo de productos, clientes...
Desde ese programa el puede exportar los datos.

Me pide que en el panel de administracion de la web que le hago yo con php y mysql, por ejemplo en el apartado productos exista un lugar en el que el pueda subir al servidor un archivo con datos extraidos desde su programa interno y el servidor suba esos datos a la base de datos mysql que yo tengo en el servidor.
En principio cada vez subiria un archivo con todos los productos y los campos con igual id se reemplazarian por los que traiga el nuevo archivo subido por el servidor.

Mis dudas:
1- ¿Que tipo de archivo es conveniente que le diga al informatico que tiene que extraer desde el programa interno para luego desde mi panel de administracion php que el cliente lo pueda subir y poder insertar los datos en la base de datos mysql a traves de php?

2- En algunos apartados el cliente subiria por ejemplo el producto 1, 2, 3 y querria que al subir el archivo se mantenga en la base de datos mysql el producto 4, 5 y 6 que no ha sido subido

3- En algun caso desde el panel de administracion de la web se amplia informacion del producto 1. Por ejemplo, el producto 1 viene con nombre y precio pero desde el archivo interno del cliente que sube al servidor no viene el peso. Este dato se inserta desde el panel admin de la web. ¿Existe la posibilidad de que al subir el archivo del cliente al servidor solo modifique del producto 1 los campos que estan en el archivo subido de modo que se mantenga el campo peso que no viene desde ese archivo?