me repite los registros

[gnzsoloyo]

Por lo pronto, el OR que pusiste opera como una disyunción y hace que con sólo que sea TRUE esa condición y la siguiente, devuelva un resultado inesperado.
Tomate el trabajo de escribir estructuradamente la consulta para que puedas ver correctamente los bloques que se aevalúan. Cuando la pones de corrido es muy fácil meter la pata y no ver los errores de lógica.
También repasa algo de lógica proposicional y los operadores lógicos AND y OR para tener claro cómo se evalúan y construyen.

Pruebalo así (mira cómo la escribí para que trates de hacer algo como eso, te ayudará):

Código MySQL:

select 
    T10.cantidad, 
    T10.idnodo, 
    l1.idproducto, 
    l1.precio, 
    l1.posicion, 
    l1.manual, 
    l1.idpliego 
from licita l1 
    INNER JOIN tablabase10 t10 ON l1.idproducto = T10.idproducto 
where 
    l1.idpliego = 94 
    and (T10.idpliego = 94 and T10.idnodo = 61) 
    AND l1.posicion = 1 
    AND 
        (NOT exists 
            (select l2.idproducto 
            from licita l2 
            where 
                l2.idproducto = l1.idproducto 
                and l2.manual = 1 
                and l2.idpliego = l1.idpliego ) 
        OR l1.posicion > 1)
        AND l1.manual = 1 
ORDER BY l1.idproducto, l1.posicion