Hice lo mismo que tu hiciste en mi Illustrator...y no tuve problemas. Copió el objeto y la capa que tenía de un documento a otro sin perder el atributo de transparencia. A lo mejor hay algo mal en la instalación de tu Illustrator o se deba a la versión que tengas (si está en español, siempre tienen problemas).
Por eso yo nunca he utilizado versiones en español, solo en inglés ya que este tipo de cosas suceden (algo no funciona como debe) o está mal instalado o no contiene en plug-in que te permite hacer lo que supuestamente debería de hacer. Yo tengo CS6
