Lo mejor y correcto para especificar el idioma de la página es hacerlo desde el Doctype. Ejemplo:
Cita: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="es" lang="es">
Cuando se tiene una página dividida en tres idiomas es desde la raiz tener al idioma principal, y los otros dos idiomas tenerlos en carpetas como tú dices "en" y "pt", pero... ¿los tienes como subdominios?