La pregunta sería ..
¿Conces que significa el "aviso" de overhead? ...
¿sabes que hace el "optimizar" tabla?
El "overhead" tengo entendido que sólo indica que en tu tabla X que usas un campo autonumerico tienes registros que has borrado y ya no es secuencial el conteo: 1,2,3,4 .. sino que ahora tienes ejemplo: 1,3,4 .. siendo el próximo indice autonumérico a contar el 5 ..
AL usar tu "optimizar" .. se reorganizan los indices y te quedaría: 1,2,3 (para el caso del ejemplo ..) Por ello el "overhead" indicador ya no te sale en "rojo" .. El caso que si hace esto (ahí no estoy seguro) .. si ese "ID" de esa tabla autonumerico lo tienes relacionado con la tabla Y .. vas a perder toda la integridad referencial .. O imaginate ese link de un usuario usuario.php?id=3 que has borrado .. ahora no coincidirá y saldrá otro registro en ese lugar ...
"Creo" que por ahí va la cosa .. en tal caso informate mejor en
www.mysql.com pues eso es problema de Mysql y de como se trabaje los indices (autonumericos en este caso) ...
Un saludo,