Haz intentado con formatear con estas funciones antes de ingresarlo a tu Base de datos?
http://www.php.net/manual/en/ref.url.php
Por ejemplo con
urlenconde o
rawurlencode o mas exagerado podria ser con
base64_enconde.
Esas funciones que te mencione hacen que tu URL por ejemplo:
te los transforme a:
Saludos,