Según el tamaño de la web yo no veo ya diferencias entre subdominios y carpetas (antes era mejor por subdominios ya que los enlaces entre los propios subdominios tenian más valor)
De todas formas vuelvo a recomendar algo que escribí no hace mucho sobre el uso de Hreflang para hacer un buen SEO en una tienda online.
http://www.zumodemarketing.com/como-...nate-hreflang/ http://www.zumodemarketing.com/como-...-con-hreflang/
Saludos!!