Problema con tabla con claves foráneas

[gnzsoloyo]

Sin embargo, mi problema se da en que no puedo declarar la clave id_documento como clave foránea, y de acuerdo a la información que se me proporciona vía el comando SHOW ENGINE INNODB STATUS, aparentemente la estoy declarando mal.

El problema es sencillo.
Tu PK en "Antecedente" es

Código MySQL:

PRIMARY KEY(rut_alumno, id_documento)
 

y quieres crear una FK referida a ella que es:

Código MySQL:

FOREIGN KEY(id_documento) 
REFERENCES Antecedente(id_documento)
 

¿Notas la diferencia?
La tabla origen tiene una PK creada sobre dos campos, pero la FK que quieres apuntarle tiene un sólo campo. Por ende te estás olvidando de la esencia de la definición de FK:
"Campo o conjunto de campos cuyo valor se referencia a la PK de otra tabla."
Es decir, si una PK tiene más de un campo, la FK que se referencie a ella tiene que tener la misma cantidad de campos, en el mismo orden y del mismo tipo.
Y eso no lo estás haciendo.