Probe incluyendo la funcion entera y modificandola, pero sigue sin tomar en cuenta absolutamente ningun margen superior para paginas agregadas por saltos..
Código:
function SetAutoPageBreak($auto, $margin=0){
//Set auto page break mode and triggering margin
$this->AutoPageBreak=$auto;
$this->bMargin=$margin;
$this->tMargin=$margin;
$this->PageBreakTrigger=$this->h-$margin;
}