retardo con consulta mssql y mysql

[syntex]

Hola buenas,

tengo que realizar una consulta a mysql para despues decirle que quiero eliminar registros de mssql, sobre la bbdd mysql,

El problema que veo que tarda muchísimo la consulta, me pueden ayudar?

MSSQL

Código SQL:

SELECT REF FROM articulos
 

MYSQL

Código MySQL:

SELECT CODIGO FROM dbo.articulo WHERE (BAJA != 1 AND CODIGO NOT IN ('' ".$this->where_articulos.")
 

La bbdd tiene unos 30000 registros, y bueno es eterno para hacer la consulta.

Muchísimas gracias.