Hola,
Pues la forma mas sencilla (si te he entendido bien) es genrar el codigo javascript de abrir el popup solo cuando te llega la variable. Algo asi:
Código PHP:
if (isset($_GET['parametro'])) {
echo <<<HTML
<script>
window.open(...);
</script>
HTML;
}
Suponiendo un link tipo index.php?parametro=valor.
Saludos.