Pues a mi se me ocurre algo así...
Código PHP:
//Extraemos las palabras a un array que contiene un valor para cada linea del archivo
$palabrasNO=file("words.txt");
// Ahora creamos la variable para comparación
$texto="Me gusta la música";
//Creamos un nuevo array, uno con cada palabra del texto...
$palabras=explode(" ",$texto);
//Ahora hacemos un loop para contar las palabras que NO estan en el archivo
$contador=0;
foreach ($palabras as $p){
if (!in_array($p,$palabrasNO)){
$contador++;
}
}
// Listo!!
Espero que te funcione...