Lo mas natural seria que la tabla la imprimas con php, y luego la actualices con ajax. La organizacion que mencionas con 3 archivos pareciera ser la adecuada.
Lo unico que quisiera comentarte es que no es muy recomendable imprimir html con php, deberias imprimir solo datos. Dicho esto un ejemplo seria
Código PHP:
Ver original<table>
<?php foreach ($array as $elemento) {?>
<tr>
<td><?php echo $elemento; ?></td>
</tr>
<?php } ?>
</table>