Si el objetivo es el siguiente
Pagina por ejemplo una tienda en el dominio principal, y un blog explicativo de los productos en un subdominio o en una carpeta, daria lo mismo, no hay contenido duplicado. a no ser que copies una del otra y viceversa.
Ahora :
en un subdominio, y aunque no claramente, ya que a veces los enlaces procedentes de estos los muestra como internos o a veces tambien los muestra en los sitelinks para Google es como un dominio diferente. Por lo tanto los enlaces que generas desde ese blog son enlaces externos.
Sin embargo si el blog lo montas sobre una carpeta o directorio los enlaces son Internos.
Aparte los enlaces que recibas hacia ese blog, tambien tienen un efecto ligeramente distinto.
no se si me he explicado pero es que
los seos no trabajamos los fines de semana 