Problema de arranque

[harvey]

Hola, quería hacer una consulta. Desde hace mucho tiempo cuando encendía el ordenador este me daba un mensaje DOS que ponia algo así como que habia un problema de configuración del hardware. En ese momento reiniciaba el ordenador manteniendo apretado el interruptor del ordenador y entonces windows cargaba perfectamente. Hace una semana tuve que cambiar la fuente y la nueva tenia un puerto IDE menos y un puerto SATA mas. No me importaba tener un puerto IDE menos ya que la segunda grabadora que tenia no funcionaba asi que no la he conectado. Ahora mismo igualmente me pasa lo del mensaje DOS solo que además la segunda vez que incia a veces se queda en la carga de windows: se ve el logo de windows oscuro y de ahi no pasa hasta que vuelvo a reiniciarlo una segunda vez.
A ver si pudierais ayudarme a corregir los dos problemas.
La información que puedo daros sobre la configuración es esta:

IDE 0 MASTER Grabadora DVD
IDE 0 SLAVE None -> aqui tenía la otra grabadora.
IDE 1 MASTER Disco Duro Samsung
IDE 1 SLAVE None
IDE 2 MASTER Disco Duro Maxtor ( Disco duro SATA, con partición, aqui esta el distema operativo)

En cuanto al boot lo tengo puesto que empiece desde el SATA pero es posible que no lo "recuerde" y por inercia se ponga en el Samsung lo cual podría ser la causa del problema solo que no sé como ponerlo en un IDE diferente del 2 MASTER ya que como digo no tiene un conector IDE sino SATA y no sé como darle prioridad aparte del la secuencia de inicio.