como encontrar un archivo xml que esta dentro de un jar

[LuisChavezB]

Puedes crear una carpeta en la raíz de tu proyecto (fuera del código fuente) y guardar tus archivos en ella.
Para obtener la ruta:

Código java:

String root = System.getproperty("user.dir");
 

ya solo concatenas el nombre de la carpeta y el archivo que buscas.