Depende un poco de lo que pretendas en futiras reentradas al sitio (una vez cerrado el navegador)
Lo más práctico sería usar Webstorage
Código HTML:
Ver original<!DOCTYPE html>
<script type="text/javascript"> //<![CDATA[
if(!sessionStorage.primera){
alert('abro ventana ');
sessionStorage.primera = 'no';
}
//]]>
funciona en IE a partir de 8 y el resto
En caso de que quieras que la opción se mantenga en forma permanente podés usar localStorage (hasta que se haga un "logout" independientemente de que se cierre el navegador) en lugar de sessionStorage.
En cuanto a los popups, una capa flotante y movible via javascript sería una alternativa
Saludos