Claro que puedes crear tus archivos en un lugar diferente del sistema de archivos, mira un ejemplo de ello lo ves en el script que te escribo a continuación, y como dice cluster depende del modo en que lo abras , en este caso en w = te permite escribir y si no existe lo cres
Código PHP:
<?PHP
//defino un constante para que se ejecute el script dentro
//los documentos donde puedo ejecutar los script de php
define (ruta, getenv(DOCUMENT_ROOT));
$fp = fopen(ruta."\nombredelfichero", "w");
echo "listo creado fichero en ".ruta;
?>