Haber no entiendo mucho pero.. el problema que tienes es que te duplica los resultados, es eso? esi ese es el problema quitale el while:
Código PHP:
Ver original<?php
$codigo=$_GET['txt_codigo'];
require_once("conexion.php");
$sql = mysql_query("SELECT usuario.usuario,asignatura.nombre_asig, notas.nota1 , notas.nota2 , notas.nota3 , notas.nota4 FROM usuario INNER JOIN notas INNER JOIN asignatura ON usuario.usuario = notas.rut_alumnos AND notas.cod_asig=$codigo");
echo "<table border='1'>
<tr>
<th>Name</th>
<th>Asignatura</th>
<th>nota 1</th>
<th>nota 2</th>
<th>nota 3</th>
<th>nota 4</th>
</tr>";
echo "<tr>";
echo "<td>" . $row['usuario'] . "</td>";
echo "<td>" . $row['nombre_asig'] . "</td>";
echo "<td>" . $row['nota1'] . "</td>";
echo "<td>" . $row['nota2'] . "</td>";
echo "<td>" . $row['nota3'] . "</td>";
echo "<td>" . $row['nota4'] . "</td>";
echo "</tr>";
echo "</table>";
?>