Deberías haber empezado por decir que estabas trabajando con un VPS...
Eso lo cambia todo. Absolutamente todo.
No puedes cambiar la hora así nomás, porque el servidor físico no es tuyo.
Por lo pronto, date una vuelta por acá:
http://blog.unelink.es/wiki/cambiar-...rvidor-centos/ http://www.carlossura.com/blog/cambi...un-vps-openvz/ http://forums.spry.com/webmin/252-ch...te-server.html http://forums.eukhost.com/f15/how-ch.../#.UL5DU6zNmSo
Algo de eso puede servirte de pista.
Posdata: Tu problema no es de MySQL, sino de servidor VPS.
Te conviene consultar en el foro de Redes o de Servidores.