Podrias concatenar los valores del checkbox en una variable y solo guardar ese registro en la columna
EJ:
Código PHP:
Ver original$chk1 = $_POST['chk1'];
$chk2 = $_POST['chk2'];
$chk3 = $_POST['chk3'];
// Usamos el punto '.' para concatenar variables.
$asignaturas = $chk1.', '.$chk2.', '.$chk3;
// Y asignaturas la guardas en la BD
Nos dices si te ayudó.