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[gnzsoloyo]

Las dos sentencias son sintácticamente equivalentes.
La única diferencia que se aprecia es que en una pides

COT_SW = 1

y en la otra

COT_SW = 98

Eso, obviamente, implica que la respuesta de una y otra consultas será forzosamente diferente, y si el valor 98 no existe en ese campo, simplemente no devolverá datos.
Ahora bien, si ya has verificado en el gestor de MYSQL que con estos parámetros:

Código SQL:

SCTN_FOLIO = 72 
AND COT_FOLIO = 0 
AND COT_PARTIDA = 1 
AND COT_SW = 98
 

si devuelve datos, entonces sólo quedaría la posibilidad de un error de programación... algo fuera de topico en este foro (normas del foro).
De todos modos me interesaría ver si efectivamente hay un error allí, como para saber si debo pasar el post a otro foro o no.
¿Podrías postear ese segmento, el de generacion y ejecución de la consulta?