Has probado de crear un fichero con permisos manualmente y volcar ai ficheros? podrías probar... comenta la parte que crea los directorios y haz esa prueba.
Puede ser por tema de permisos.
http://php.net/manual/es/function.chmod.php
Otra opción es dar permisos a esos directorios que se crean directamente con chmod, pero primero prueba lo otro,
Un saludo!